歲次己酉年(1969)梅月，朱添仁等組織自新社三善堂。庚戌年(1970)三官殿自新社三善堂著造《三善寶律》，共分四卷。
《三善寶律》〈卷一〉有吳藻卿編撰三官殿之歷史沿革與三善堂之設置，「澎湖三官殿沿革」：
查「三官殿原名為「嘉蔭亭」。據澎湖廳誌及各史籍記載，昔在廳治之東二里許，於乾隆四年己未，前通判胡格因念澎湖道旁不長樹木，每日自鄉村至城鎮來往行人無所休息，故在此郊外建立一亭，備偶憩之所。如樾之有蔭，故號「嘉蔭亭」。週圍遍植樹木、四季長青，迄今一带樹木仍存。由此而來也。時又欲為奠安地脉及護國佑民計，即在亭内安置神壇，中祀文武二帝牌位，左奉三官大帝，右奉四海龍王。官民均來崇拜，祈求風調雨順、國泰民安。惟神赫濯，靈應異常。
乾隆廿九年甲申，此亭因年久漸圮，附近住民乃鳩資重修，竣後通判胡建偉為之題號「古嘉蔭亭」。至嘉慶元年丙辰，通判蔣曾年捐俸重修一次，可見歷任官員皆重視於此也明矣。
嘉慶廿四年己卯，通判陞寶亦捐俸改修一次。同時因以三官大帝為上界至尊之神，年來奉祀在左側，有失尊嚴，乃將壇中之文武帝牌位，分別移至 文廟與武廟歸宗合祀。從兹三官大帝尊奉中央，為鎮殿主神，並將古嘉蔭亭」改稱為「三官殿」，正式成為廟宇，神光普照，氣象一新良有以也。
道光三年癸未，通判蔣鏞於廟外另建四垂亭，前築照牆以禦風颱，並建西廂一間，另將廟地一處租人建屋，逐月收租金作廟内油香之需。而里民為紀念此亭，復以自遠方來此行程約有五里，乃稱社名為「五里亭」焉。斯時本澎士紳紀秉修，曾在廟外題寫一聯云：「五風兼十雨，里詠又途歌」，其義甚妙，筆畫亦佳(現五里亭與紅木埕合稱為朝陽里)
道光六年丙戌，通判蔣鏞會同協鎮孫得發等捐資，將本廟原有之四海龍王金身移至觀音亭東側，新建龍王廟奉祀(現龍王已合祀在觀音亭之西廂)。
道光廿五年乙巳，通判鄧元重修廟宇一次，並有生員林炳垣等董理其事，中奉三官大帝以外，東邊再配祀觀音佛祖，西邊新配祀註生娘々，前壇即增祀福德正神。迨至光緒十九年癸巳，歴遭兵燹之後，破壞不堪，地方人乃捐資重修一次。至民國廿五年丙子，又重建一次，殿貌輝煌壯麗，聿觀厥成，為闔澎最高尊之廟宇，遐邇蒙庥焉。
曾幾何時，又因年久失修、經風雨飄摇、白蟻蝕毁，以民國五十六年間，曾受附近爆風波及，致棟桷損壞，漏雨不堪。有心人目擊心傷，乃由信士朱添仁、陳順義等發起重修之舉。幸賴各方善信熱心襄助，慷慨樂捐，遂於民國五十六年丁未五月，庇材興工，將後殿屋蓋掀起修建，再加粉刷油漆，歴時六個月告竣，焕然一新。且喜神居永奠、共薦馨香，復於民國五十八年己西梅月初十日，在殿内新開設「自新社三善堂」，夜々堂生畢集，心誠感格，仰荷群神下降，列聖光臨，藉乩盤而濟世，著寶律以勸人，蓋社號「自新」，乃欲勸人猛省改過自新，以符上界有好生之生德意，又有容人自新之路也。堂名三善，即取太上感應篇云：語善視善行善，一日有三善，人能遵奉而行之，三年天必降其福誠哉是言也。
恭維三官大帝者，乃天官、地官、水官三尊之合也。天官即堯帝是也，専司人間錫福，正月十五聖誕日，為上元節，與人求福甚驗；地官即舜帝是也，主掌人間功過，又為冥府廣開大赦之途，七月十五聖誕日，為中元節故，此日拔薦幽魂與普施陰光最宜；水官即禹帝是也，専為治水與解厄消災，十月 五聖誕日為下元節，此日叨恩垂佑，祈求消災感應至捷。三帝同是有德高尊，位居三界，惠澤人寰，故虔誠拜奉，亦足以崇德報功也。
惟願人人誠意正心，遵奉聖訓及早修身行善，正己化人，自然神庥廣被，福履綏和，年年風調雨順，處處物阜民安，誠為大幸也。謹陳本殿來歷，以垂永遠紀念云。
民國五十九年歲次庚戍陽春之月 沐恩信士吳藻卿謹撰

三善堂於民國58年（1969）開始濟世後，據說曾經治癒不少疑難雜症，每晚參拜人數都超過一百人，求問者眾多經常要到午夜時分才能結束。三善堂的興盛，應隨著廟宇新建完成而促進信眾的參與。

(一) 著造三善寶律諸神聖尊號序次如左
飛鸞主教督造新書南天文衡聖帝翊漢天尊關
飛鸞闡化監造新書南宫孚佑帝祖妙道天尊吕
飛鸞啟化輔佐新書九天司命真君護宅天尊張
飛鸞宣化協贊新書太醫院慈濟真君博施天尊許
著造正主席澎湖三官殿天官大帝
著造副主席澎湖三官殿地官大帝
著造副主席澎湖三官殿水官大帝
著造鑒督鸞壇執理堂務本堂真武大帝魏
著造督理鸞壇協理堂務本堂真武大帝張
著造司理施方濟世本堂文衡聖帝周
著造執掌功過司本堂觀音佛祖許
著造督理堂務本堂註生娘娘洪
著造正馳聘本堂哪吒太子金
著造正馳聘本堂哪吒太子毛
著造副馳聘本堂文王朱
著造副馳聘本堂武王黃
内外供役司禮神本堂福德正神歐 派 正堂主
内外內外把門司本堂執印劍二童子
(二) 著造三善寶律諸鸞下職務列於左
正堂主朱添仁

副堂主黃科
總理堂務陳順義
督理堂務林深嶼
監理堂務兼付梓胡其所
副監理堂務葉祖千
副總董事兼付梓蘇福氣
協理堂務李榮華
督理堂務兼監理内外一切事務朱建吉
佐理堂務兼宣講生高慶芳
協理堂務宣講生鄭金生
總校正生吳藻卿
正鸞生蘇明新 林清宇
督唱錄生蘇明棟
唱錄鸞生鄭中和
副鸞兼司香進茶生蔡和
錄鸞兼謄錄鸞生吕秀吉
錄鸞生黃文波
唱鸞生許燦鑫
唱錄鸞生黃迺弼
唱鸞兼司香進茶生莊水仙
副鸞生張松村
司香迎送生陳佛宗 莊合美